今天和大家分享一篇文章：孔雀石綠處理后斑馬魚魚卵的轉錄組分析，文章引用信息如下（DOI：10.1016/j.aquaculture.2019.734500）：
孔雀石綠是一種三苯甲烷染料，在水產養殖中，孔雀石綠曾經被廣泛用于淡水魚養殖業，以預防和治療體外寄生蟲和真菌感染。前期研究報道了孔雀石綠的毒性效應，但很少有研究探討孔雀石綠的毒性機理。本文以斑馬魚為研究對象，從轉錄組水平分析了孔雀石綠對斑馬魚魚卵的影響，借此探討孔雀石綠對水生生物的毒性機理。結果如下：
illumina測序與質量評價
孔雀石綠處理組和空白對照組構建了六個cDNA文庫，總共獲得了257,730,582bp數據，選取Q30百分比高于91.17％的一組用于后續分析。
與參考基因組的比較分析
對照組和孔雀石綠處理組之間的數據比對結果顯示：可比對到基因組和未比對到基因組的reads具有顯著差異（p <0.05），這表明孔雀石綠可能已經誘導了卵的遺傳毒性。
DEG分析
與對照組相比，經孔雀石綠處理組結果顯示：共發現2436個DEGs，其中1376個DEGs顯著上調，1060個DEGs顯著下調。DEGs被注釋到322條已知的kegg通路。然而，只有氨基酰tRNA生物合成通路顯著富集。
變異分析
變異分析顯示兩組間的indel數（核苷酸的插入和刪除）無顯著性差異（p＞0.05）。實驗組與對照組的單核苷酸多態性數（snps）和總變異數（snp+indel）有顯著差異（p<0.05）。表明孔雀石綠導致基因變異。
利用qRT-PCR進行DEG驗證
qRT-PCR分析基因的表達水平與RNA-Seq的結果一致。表明RNA-Seq結果總體上是可靠的；然而，還需要進一步的研究來明確其毒性機理。
總結：
本研究從轉錄組水平探討了孔雀石綠對斑馬魚魚卵的影響。在與參考基因組的比較分析說明孔雀石綠對魚卵具有遺傳毒性作用。通過DEG分析確定孔雀石綠影響了斑馬魚魚卵基因的表達。變異分析結果表明孔雀石綠通過snp變異導致基因變異。
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